El 31 de mayo de 1565, Don Diego de Villarroel funda en un paraje llamado Ibatin, la primitiva ciudad de San Miguel de Tucumán. En la ceremonia de fundación, estuvieron presentes cuatro franciscanos, entre ellos, el incansable Fr. Juan Pascual de Rivadeneira. Luego de hacer la traza de la ciudad, a los franciscanos se les concedió en terreno ubicado a dos cuadras de la Plaza Mayor.
El padre Rivadeneira, una vez que se hizo todos los protocolos de ese entonces para que se les entregue el terreno, comenzó a levantar su iglesia, convento, poniendo a ambos bajo el patrocinio de San Miguel Arcángel, y una escuela de primeras letras.
Se abocaron entonces a la evangelización de las tribus mas cercanas: Tafis, Amaichas, Lules y Siambones. Luego extendieron su obra a los Colpes, Silipicas de Calchaquí, Paquilingastas y Capayanes.
Hacia 1664, habían terminado de construir su iglesia y convento "habiéndose gastado gran suma de dinero en ellos".
En 1685, el gobernador de Catamarca, Don Fernando de Mendoza y Mate de Luna, ordeno el traslado de la ciudad a su actual emplazamiento. El mismo inicio el 24 de setiembre llegando el 29 del mismo mes.
Se hizo la ceremonia de refundación llamando a la nueva ciudad "San Miguel de Tucumán" en honor del arcángel, cuya festividad se celebraba ese mismo día.
Según el acta del cuatro de octubre del año expresado se ordena, entre otras distribuciones, que a la Iglesia Matriz se les de dos solares, "a los conventos del seráfico san Francisco y nuestra Señora de la Merced y colegio de la Compañía de Jesús, se les de otro tanto de terreno como lo tenían en el sitio viejo".
En 1686, se presentó ante el gobernador el padre guardián Fr. Miguel de Ortega solicitando la posesión del terreno que les correspondía. El gobernador procedió a la entrega del mismo con "todos los protocolos correspondientes", y comenzaron la edificación de su segunda iglesia, convento y escuela. Dicha porción de tierra era la manzana donde actualmente los frailes dominicos tienen su iglesia y convento.
Si bien la construcción fue lenta, continuaron con la tarea evangelizadora que habían iniciado el siglo pasado en una iglesia que no era mas que un simple galpón.
En el año 1767, los religiosos de la Compañía de Jesús, fueron expulsados por orden de Carlos III de todos sus dominios. Por tal motivo, el colegio y convento que estos poseían en la ciudad, ubicado en la actual manzana de San Francisco pasaron a manos del Clero.
La pobreza general y el estado avejentado de las construcciones que habían dejado sus legítimos dueños, fueron las causas que trajeron al Clero a una angustiosa situación y abandonaran las instalaciones.
Este hecho puso al habla a franciscanos y dominicos. Estos habían llegado en 1782 por la escasez de sacerdotes para atender las necesidades espirituales de los vecinos.
Los dominicos ya se habían instalado en el colegio de Lules y un pequeño sector en el colegio de la ciudad.
La Junta Real de Temporalidades otorgo a los franciscanos el uso de las instalaciones jesuitas por un plazo de cuatro años. Esto fue en 1784. Sin embargo, al año siguiente, el Padre Custodio Fr. Francisco de Altolaguirre tramitaba en España la posesión perpetua del colegio y convento.
La Corona accedió al pedido transfiriendo a los franciscanos dichas instalaciones el 4 de junio de 1785, fecha en que estos cedieron su antiguo convento a los frailes dominicos.
La iglesia que recibían los franciscanos era, según las descripciones, de una sola nave con una torre ubicada a la derecha del acceso, mientras que al convento de accedía por la actual calle San Martín.
Si bien este templo sufrió varias modificaciones, es considerada la mas importante la que ejecuto el ingeniero francés Pedro Dalgare Etcheverry, autor de la Catedral de esta ciudad. Como era el templo que en mejor estado se encontraba, todas las funciones que se realizaban el la Matriz, pasaron a este.
Es por eso que el 24 de marzo de 1816, los diputados del Congreso de Tucumán, celebrarían la Misa impetratoria de apertura, y el 10 de julio del mismo año, al día siguiente de haberse declarado la Independencia, se canto allí el solemne Te Deum.
Cuatro año antes, en 1812, parte del convento fue utilizado como cuartel y luego hospital de heridos del ejercito al mando del general Manuel Belgrano que dio batalla en Tucumán aquel memorable 24 de setiembre. Agregamos también que en el se alojaron muchos de los congresales que asistieron al Congreso.
En 1855, San Francisco es erigida como parroquia con la denominación de "Curato de la Victoria", quedando dividida del curato rectoral por la calle de San Francisco "que gira de sud a norte, en toda su extensión hasta tocar los extremos del territorio".
En el año 1873 se dio inicio a la construcción de la actual iglesia a cargo del contratista nacional Ramón Berroa, demoliendo el antiguo frente y levantando el actual finalizándolo en 1884.
Al año siguiente, 1885, procedente de Córdoba llega Mariano Güell para continuar con los trabajos iniciándolos en mayo del mismo año. Desde entonces la labor no se detuvo.
En la mañana del 17 de setiembre de 1887, quedó inaugurada la nave central y, el 26 de setiembre de 1891, en una solemne ceremonia, se realizó la bendición y consagración del nuevo templo.
La fachada del templo franciscano, compuesta de tres pisos, alberga en sus arcos de acceso unas magnificas rejas de hierro forjado, realizadas en España donadas en 1891.
Su interior, de tres naves, presenta un estilo barroco, adornado con hermosos altares "dorados a la hoja", en donde se puede admirar imágenes indígenas y de la época hispana.
Apreciamos también los pulpitos que son sin duda los mas importantes de la Provincia.
En el fondo del presbiterio, y como una coronación de todo el conjunto, se levanta el magnifico altar mayor, diseño del celebre Fr. Luis Giorgi, quien también diseño la fachada y los pulpitos del templo.
Hacia 1941, comenzó a construirse la capilla del Santísimo Sacramento en la prolongación del crucero, trabajo realizado por el arquitecto Luis Terán Etchecopar, obra inaugurada el 20 de noviembre de 1943. La misma fue decorada por el pintor italiano Giuseppe Bercetti, quien trabajo también en la decoración de la iglesia de la Merced. Finalmente acotamos que el interior del templo esta decorado con pinturas murales y decorativas realizadas por el italiano Aristene Papi, haciendo de todo el edificio un conjunto arquitectónico ecléctico, que es admirado por los de adentro como por los de afuera de la provincia.
Todos los antecedentes mencionados fueron tomados en cuenta por el Gobierno Nacional y declararon Monumento histórico Nacional al templo de San Francisco por resolución 4938 del 7 de julio de 1964, por el presidente Arturo Illía.
En cuanto al actual convento, sabemos que su construcción se inicio en junio de 1901 y la obra quedo paralizada en 1902 por falta de fondos.
Presenta un estilo románico manteniendo la estructura formal - funcional, método constructivo divulgado por ordenes monacales como el Cister.
La obra, autoría de los hermanos Pedro y Marcelino Vozza, arquitectos italianos, fue terminándose de a poco, a medida que se conseguía los medios necesarios, faltando aun el revoque de sus paredes y terminar tres de las galerías de la planta alta.
Teniendo en cuenta también sus antecedentes históricos el convento fue declarado Monumento Histórico Nacional en 1987 y "Lugar histórico" a toda la manzana ya que en el centro de la misma se detectaron en el año 1980 restos importantes del colegio jesuita y que constituyen las construcciones mas antiguas de San Miguel de Tucumán, ya que datan del siglo XVII.